COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 8.282107 8.282107 8.388841
2021-05-15 17:00:00 6.963514 6.963514 8.499738
2021-05-14 17:00:00 8.223659 8.223659 8.644959
2021-05-13 17:00:00 8.423805 8.423805 8.810472
2021-05-12 17:00:00 8.372252 8.372252 8.925409
2021-05-11 17:00:00 7.881539 7.881539 9.050986
2021-05-10 17:00:00 11.057420 11.057420 9.294815

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 7.272727 7.272727 7.535887
2021-05-15 17:00:00 7.655502 7.655502 7.278076
2021-05-14 17:00:00 10.191083 10.191083 7.429782
2021-05-13 17:00:00 6.696764 6.696764 7.617054
2021-05-12 17:00:00 9.746589 9.746589 7.783329
2021-05-11 17:00:00 5.256154 5.256154 7.752509
2021-05-10 17:00:00 17.821782 3.641268 7.564174

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 20.489978 15.244408 16.693761
2021-05-15 17:00:00 16.879433 16.879433 16.664330
2021-05-14 17:00:00 17.812500 17.812500 16.793731
2021-05-13 17:00:00 16.485507 16.485507 17.075057
2021-05-12 17:00:00 19.212598 19.212598 17.632843
2021-05-11 17:00:00 12.965964 12.965964 17.604320
2021-05-10 17:00:00 11.428571 17.415730 17.178198

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 9.061489 9.061489 8.546938
2021-05-15 17:00:00 6.276423 6.276423 8.748023
2021-05-14 17:00:00 8.408109 8.408109 8.782596
2021-05-13 17:00:00 10.199626 10.199626 8.901265
2021-05-12 17:00:00 10.248902 10.248902 8.906282
2021-05-11 17:00:00 8.652793 8.652793 9.007028
2021-05-10 17:00:00 10.325753 5.674717 8.972697

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 10.668679 10.668679 7.902524
2021-05-15 17:00:00 6.106377 6.106377 7.858409
2021-05-14 17:00:00 8.909786 8.909786 7.908409
2021-05-13 17:00:00 7.730343 7.730343 7.971267
2021-05-12 17:00:00 7.444349 7.444349 7.998711
2021-05-11 17:00:00 9.197976 9.197976 8.099210
2021-05-10 17:00:00 16.365845 6.393654 8.066561

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 16.778025 16.778025 18.811630
2021-05-15 17:00:00 15.264977 15.264977 19.230195
2021-05-14 17:00:00 8.820234 18.911962 19.600131
2021-05-13 17:00:00 24.273370 24.273370 19.555178
2021-05-12 17:00:00 17.330609 17.330609 19.275026
2021-05-11 17:00:00 18.088060 18.088060 19.154457
2021-05-10 17:00:00 23.585378 23.585378 19.418544

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 2.884615 2.884615 3.953163
2021-05-15 17:00:00 3.296171 3.296171 4.046222
2021-05-14 17:00:00 2.810304 2.810304 4.113544
2021-05-13 17:00:00 5.058169 5.058169 4.215883
2021-05-12 17:00:00 4.120879 4.120879 4.198036
2021-05-11 17:00:00 4.464286 4.464286 4.393671
2021-05-10 17:00:00 6.859206 6.859206 4.513554

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 5.275670 3.769025 4.196525
2021-05-15 17:00:00 3.896593 3.896593 4.301156
2021-05-14 17:00:00 4.523321 4.523321 4.438854
2021-05-13 17:00:00 4.183726 4.183726 4.536312
2021-05-12 17:00:00 4.152726 4.152726 4.579737
2021-05-11 17:00:00 4.130081 4.130081 4.636468
2021-05-10 17:00:00 9.832273 4.353393 4.720924

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 5.759539 3.987042 5.831269
2021-05-15 17:00:00 4.787759 4.787759 6.121545
2021-05-14 17:00:00 6.715328 6.715328 6.265933
2021-05-13 17:00:00 5.229650 5.229650 6.476916
2021-05-12 17:00:00 7.218576 7.218576 6.690995
2021-05-11 17:00:00 6.441872 6.441872 6.895141
2021-05-10 17:00:00 6.082949 6.802891 7.008772

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 6.343135 6.343135 6.998366
2021-05-15 17:00:00 7.172602 7.172602 7.100605
2021-05-14 17:00:00 7.755566 7.755566 7.283980
2021-05-13 17:00:00 8.563892 8.563892 7.568803
2021-05-12 17:00:00 7.611665 7.611665 7.746088
2021-05-11 17:00:00 6.343584 5.006671 7.922625
2021-05-10 17:00:00 7.593123 3.798541 7.886094

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 11.609071 11.609071 9.704660
2021-05-15 17:00:00 6.949627 10.727612 9.653337
2021-05-14 17:00:00 10.003970 10.003970 9.780499
2021-05-13 17:00:00 8.720060 8.720060 9.873974
2021-05-12 17:00:00 8.839354 8.839354 9.962262
2021-05-11 17:00:00 6.687334 6.687334 9.997694
2021-05-10 17:00:00 10.654206 9.825976 10.093877

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 2.513465 2.513465 2.457715
2021-05-15 17:00:00 1.559454 1.559454 2.645572
2021-05-14 17:00:00 2.483444 2.483444 2.809334
2021-05-13 17:00:00 2.977667 2.977667 2.844901
2021-05-12 17:00:00 2.661208 4.859813 3.027862
2021-05-11 17:00:00 1.336898 1.336898 3.039366
2021-05-10 17:00:00 1.459854 0.391773 3.192229

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 4.806935 4.806935 8.822114
2021-05-15 17:00:00 21.722846 21.722846 8.779560
2021-05-14 17:00:00 9.878214 9.878214 8.781034
2021-05-13 17:00:00 5.380795 5.380795 8.809514
2021-05-12 17:00:00 38.297872 22.517730 8.922877
2021-05-11 17:00:00 5.638298 5.638298 8.721846
2021-05-10 17:00:00 1.568627 24.901961 8.929058

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 10.964333 6.869221 6.447308
2021-05-15 17:00:00 4.203324 4.203324 6.578792
2021-05-14 17:00:00 5.889145 5.889145 6.935416
2021-05-13 17:00:00 6.105991 6.105991 7.060086
2021-05-12 17:00:00 7.497360 7.497360 7.354139
2021-05-11 17:00:00 8.764940 8.764940 7.842969
2021-05-10 17:00:00 9.677419 6.925373 8.027478

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 10.231023 10.231023 9.490435
2021-05-15 17:00:00 7.175433 7.175433 9.510073
2021-05-14 17:00:00 10.369467 10.369467 9.710327
2021-05-13 17:00:00 10.736010 10.736010 9.903921
2021-05-12 17:00:00 12.717713 12.717713 10.175716
2021-05-11 17:00:00 8.982849 8.982849 10.272401
2021-05-10 17:00:00 11.902305 5.484664 10.176748

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 34.382979 49.276596 26.391843
2021-05-15 17:00:00 23.209169 23.209169 27.019021
2021-05-14 17:00:00 25.886991 25.886991 26.702546
2021-05-13 17:00:00 27.077224 27.077224 26.760904
2021-05-12 17:00:00 20.283641 20.283641 27.406220
2021-05-11 17:00:00 20.387481 20.387481 27.643434
2021-05-10 17:00:00 23.568702 23.568702 28.290404

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 2.669903 2.669903 3.270134
2021-05-15 17:00:00 2.558228 2.558228 3.451795
2021-05-14 17:00:00 4.114713 4.114713 3.651958
2021-05-13 17:00:00 2.617230 2.617230 3.768022
2021-05-12 17:00:00 4.221636 4.221636 3.954386
2021-05-11 17:00:00 3.896714 3.896714 4.067525
2021-05-10 17:00:00 3.125000 3.125000 4.064839

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 7.331644 7.798134 8.261807
2021-05-15 17:00:00 7.202897 7.202897 8.425407
2021-05-14 17:00:00 7.832149 7.832149 8.449271
2021-05-13 17:00:00 7.949901 7.949901 8.819951
2021-05-12 17:00:00 7.983691 7.983691 8.918027
2021-05-11 17:00:00 8.352018 11.560843 9.104903
2021-05-10 17:00:00 8.243527 8.243527 9.306391

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 6.176004 6.176004 6.674687
2021-05-15 17:00:00 6.218338 6.218338 6.747929
2021-05-14 17:00:00 6.683512 6.683512 6.830206
2021-05-13 17:00:00 7.654321 7.654321 7.008912
2021-05-12 17:00:00 6.667565 6.667565 7.169658
2021-05-11 17:00:00 5.254116 5.254116 7.255393
2021-05-10 17:00:00 11.646489 6.084372 7.326264

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 10.460993 10.460993 11.913908
2021-05-15 17:00:00 8.000000 8.000000 12.047718
2021-05-14 17:00:00 10.719530 10.719530 12.227450
2021-05-13 17:00:00 17.752235 17.752235 12.365712
2021-05-12 17:00:00 8.297414 8.297414 12.546941
2021-05-11 17:00:00 13.571429 13.571429 12.564749
2021-05-10 17:00:00 13.740458 12.720157 12.619652

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 9.569378 9.569378 12.641248
2021-05-15 17:00:00 6.289308 6.289308 12.845994
2021-05-14 17:00:00 24.157303 24.157303 13.425468
2021-05-13 17:00:00 19.078947 19.078947 13.920288
2021-05-12 17:00:00 14.743590 14.743590 13.888168
2021-05-11 17:00:00 9.871245 9.871245 13.837734
2021-05-10 17:00:00 35.849057 10.951009 13.915624

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-05-16 17:00:00 10.799220 10.799220 12.290951
2021-05-15 17:00:00 10.537634 10.537634 12.457596
2021-05-14 17:00:00 15.039841 15.039841 12.500671
2021-05-13 17:00:00 10.813309 10.813309 12.927893
2021-05-12 17:00:00 13.288410 13.288410 13.330519
2021-05-11 17:00:00 13.318429 13.318429 13.835373
2021-05-10 17:00:00 10.497238 10.497238 13.897302

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 7.272727 7.272727 7.535887
Basilicata 20.489978 15.244408 16.693761
Calabria 9.061489 9.061489 8.546938
Campania 10.668679 10.668679 7.902524
Emilia-Romagna 16.778025 16.778025 18.811630
Friuli Venezia Giulia 2.884615 2.884615 3.953163
Lazio 5.275670 3.769025 4.196525
Liguria 5.759539 3.987042 5.831269
Lombardia 6.343135 6.343135 6.998366
Marche 11.609071 11.609071 9.704660
Molise 2.513465 2.513465 2.457715
P.A. Bolzano 4.806935 4.806935 8.822114
P.A. Trento 10.964333 6.869221 6.447308
Piemonte 10.231023 10.231023 9.490435
Puglia 34.382979 49.276596 26.391843
Sardegna 2.669903 2.669903 3.270134
Sicilia 7.331644 7.798134 8.261807
Toscana 6.176004 6.176004 6.674687
Umbria 10.460993 10.460993 11.913908
Valle d'Aosta 9.569378 9.569378 12.641248
Veneto 10.799220 10.799220 12.290951

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

Exported from Italia/Percent_Positive.ipynb committed by maxdevblock on Sun May 16 17:25:59 2021 revision 294, 1c902126